Nie jesteś zalogowany na forum.
Strony: 1
Koronawirusy - produkty na licencji USA.
Offline
Offline
Jest szczepionka...
Offline
Koronawirus z Wuhan ma dołożone elementy wirusa HIV i może się w niego przekształcić.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 … 1.full.pdf
Tekst po przetłumaczeniu.
Niesamowite podobieństwo unikalnych wstawek w białku szpiku 2019-nCoV do HIV-1 gp120 i Gag Prashant Pradhan 1,2 USD, Ashutosh Kumar Pandey 1 USD, Akhilesh Mishra 1 USD, Parul Gupta1, Praveen Kumar Tripathi 1, Manoj Balakrishnan Menon1, James Gomes1 * 1 i Bishwajit Kundu * 1 1 Kuusuma School of sciences, Indian Institute of Technology, New Delhi-110016, Indie. 2Acharya Narendra Dev College, University of Delhi, New Delhi-110019, India $ Równy wkład * Autorzy korespondencji: e-mail: bkundu @ bioschool.iitd.ac.invperumal @ bioschool.iitd.ac.in
Streszczenie: Jesteśmy obecnie świadkami poważnej epidemii spowodowanej nowatorskim koronawirusem 2019 (2019-nCoV). Ewolucja 2019-nCoV pozostaje nieuchwytna. Znaleźliśmy 4 insercje w glikoproteinie szczytowej (S), które są unikalne dla 2019-nCoV i nie są obecne w innych koronawirusach. Co ważne, reszty aminokwasowe we wszystkich 4 wstawkach mają identyczność lub podobieństwo do reszt w gag HIV-1 gp120 lub HIV-1 Gag. Co ciekawe, pomimo że wstawki są nieciągłe w pierwotnej sekwencji aminokwasowej, modelowanie 3D 2019-nCoV sugeruje, że zbiegają się one w celu utworzenia miejsca wiązania receptora. Odkrycie 4 unikalnych wstawek w 2019-nCoV, z których wszystkie mają identyczność / podobieństwo do reszt aminokwasowych w kluczowych białkach strukturalnych HIV-1, jest mało prawdopodobne. Ta praca dostarcza jeszcze nieznanych informacji na temat 2019-nCoV i rzuca światło na ewolucję i patogenność tego wirusa, co ma ważne implikacje dla diagnozy tego wirusa.
Koronawirusy (CoV) są jednoniciowymi wirusami RNA o dodatnim sensie, które infekują zwierzęta i ludzi. Są one podzielone na 4 rodzaje na podstawie ich specyficzności gospodarza: wirus alfakoronawirusa, wirus betakoronawirusa, wirus deltakoronawirusa i wirus gammakoronawirusa (Snijder i in., 2006). Istnieje siedem znanych typów CoV, w tym 229E i NL63 (genus Alphacoronavirus), OC43, HKU1, MERS i SARS (rodzaj Betacoronavirus). Podczas gdy 229E, NL63, OC43 i HKU1 często infekują ludzi, wybuch SARS i MERS odpowiednio w 2002 i 2012 r. Miał miejsce, gdy wirus został przeniesiony ze zwierząt na ludzi, powodując znaczną śmiertelność (J. Chan i in., N.; JFW Chan i in. al., 2015). W grudniu 2019 r. Odnotowano kolejny wybuch koronawirusa z Wuhan w Chinach, który również przenosił się ze zwierząt na ludzi. Ten nowy wirus został tymczasowo nazwany przez Światową Organizację Zdrowia (WHO) nowatorskim koronawirusem 2019 (2019-nCoV) (J. F.-W. Chan i in., 2020; Zhu i in., 2020). Chociaż istnieje kilka hipotez dotyczących pochodzenia 2019-nCoV, źródło tej trwającej epidemii pozostaje niejasne. Schematy transmisji 2019-nCoV są podobne do wzorców transmisji udokumentowanych w poprzednich epidemiach, w tym poprzez kontakt fizyczny lub aerozolowy z osobami zakażonymi wirusem.
Offline
C.d.
Od Wuhan zgłaszano przypadki łagodnej do ciężkiej choroby i śmierci z powodu infekcji. Ta epidemia rozprzestrzeniła się w bardzo odległych krajach, między innymi we Francji, Australii i USA. Liczba spraw w Chinach i poza nimi gwałtownie rośnie. Nasze obecne rozumienie ogranicza się do sekwencji genomu wirusa oraz niewielkich danych epidemiologicznych i klinicznych. Kompleksowa analiza dostępnych sekwencji nCoV w 2019 r. Może dostarczyć ważnych wskazówek, które mogą pomóc rozwinąć nasze obecne zrozumienie w zakresie zarządzania trwającą epidemią. Glikoproteina szczytowa (S) kukurydzianego wirusa jest cięta na dwie podjednostki (S1 i S2). Podjednostka S1 pomaga w wiązaniu receptora, a podjednostka S2 ułatwia fuzję błony (Bosch i in., 2003; Li, 2016). Glikoproteiny szczytowe koronawirusów są ważnymi wyznacznikami tropizmu tkankowego i zasięgu gospodarza. Ponadto glikoproteiny szczytowe są krytycznymi celami w opracowywaniu szczepionek (Du i in., 2013). Z tego powodu białka szczytowe są najszerzej badane wśród koronawirusów. Dlatego staraliśmy się zbadać glikoproteinę szczytową w 2019-nCoV, aby zrozumieć jej ewolucję, sekwencję nowych cech i cechy strukturalne przy użyciu narzędzi obliczeniowych.
Metodologia
Wyszukiwanie i dopasowanie sekwencji kwasów nukleinowych i białek Pobrano wszystkie dostępne sekwencje koronawirusa (n = 55) z bazy danych genomu wirusa NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) i zastosowaliśmy GISAID (Elbe I Buckland-Merrett, 2017) [https://www.gisaid.org/], aby pobrać wszystkie dostępne sekwencje pełnej długości (n = 28) 2019-nCoV na dzień 27 stycznia 2020 r. Wielokrotne dopasowanie sekwencji wszystkich genomów koronawirusa było wykonywane przy użyciu oprogramowania MUSCLE (Edgar, 2004) w oparciu o metodę łączenia sąsiadów. Z 55 genomu koronawirusa 32 reprezentatywne genomy ze wszystkich kategorii wykorzystano do opracowania drzewa filogenetycznego za pomocą oprogramowania MEGAX (Kumar i in., 2018). Najbliższym krewnym okazał się SARS CoV. Region glikoprotein SARS CoV i 2019-nCoV dopasowano i wizualizowano przy użyciu oprogramowania Multalin (Corpet, 1988). Zidentyfikowaną sekwencję aminokwasową i nukleotydową dopasowano do bazy danych całego genomu wirusowego przy użyciu BLASTp i BLASTn. Zachowanie motywów nukleotydowych i aminokwasowych w 28 wariantach klinicznych genomu 2019-nCoV przedstawiono poprzez wykonanie dopasowania wielu sekwencji za pomocą oprogramowania MEGAX. Trójwymiarowa struktura glikoproteiny 2019-nCoV została wygenerowana przy użyciu serwera internetowego SWISS-MODEL (Biasini i in., 2014), a struktura została oznaczona i zwizualizowana przy użyciu PyMol (DeLano, 2002).
Wyniki
Niesamowite podobieństwo nowych wstawek w białku 2019-nCoVspike do HIV-1 gp120 i drzewa filogentycznego GagOur koronawirusów pełnej długości sugeruje, że 2019-nCoV jest ściśle związany z SARS CoV [ryc. 1]. Ponadto inne niedawne badania powiązały 2019-nCoV z SARS CoV. W związku z tym porównaliśmy sekwencje glikoprotein pików 2019-nCoV z sekwencjami SARS CoV (numer dostępu NCBI: AY390556.1). Po dokładnym zbadaniu dopasowania sekwencji stwierdziliśmy, że glikoproteina skoku 2019-nCoV zawiera 4 insercje [ryc. 2]. Aby dalej zbadać, czy te wstawki są obecne w jakimkolwiek innym wirusie koronowym, przeprowadziliśmy wielokrotność wyrównanie sekwencji szczytowych sekwencji aminokwasowych glikoprotein wszystkich dostępnych koronawirusów (n = 55) [patrz Tabela S. Plik 1] w NCBI refseq (ncbi.nlm.nih.gov) obejmuje to jedną sekwencję 2019-nCoV [ryc. 1] . Stwierdziliśmy, że te 4 insercje [wstawki 1, 2, 3 i 4] są unikalne dla 2019-nCoV i nie występują w innych analizowanych koronawirusach. Inna grupa z Chin udokumentowała trzy insercje porównujące mniej sekwencyjnych glikoproteinowych sekwencji koronawirusów. Inna grupa z Chin udokumentowała trzy insercje porównujące mniejszą sekwencję glikoprotein szczytowych koronawirusów (Zhou i in., 2020).
Offline
C.d.
Następnie przetłumaczyliśmy wyrównany genom i stwierdziliśmy, że te wstawki są obecne we wszystkich wirusach Wuhan 2019-nCoV, z wyjątkiem wirusa Bat-host 2019-nCoV jako gospodarza [ryc. 4]. Zaintrygowani 4 wysoce konserwowanymi wkładkami unikalnymi dla 2019-nCoV chcieliśmy zrozumieć ich pochodzenie. W tym celu zastosowaliśmy lokalne wyrównanie 2019-nCoV z każdą wstawką jako zapytanie do wszystkich genomów wirusa i rozważono trafienia ze 100% pokryciem sekwencji. Nieoczekiwanie, każda z czterech wstawek dopasowanych do krótkich segmentów białek ludzkiego wirusa niedoboru odporności 1 (HIV-1). Pozycje aminokwasów wstawek w 2019-nCoV i odpowiadające im reszty w HIV-1 gp120 i HIV-1 Gag pokazano w tabeli 1. Pierwsze 3 wstawki (wstawka 1,2 i 3) wyrównane do krótkich segmentów aminokwasu pozostałości w HIV-1 gp120. Wkładka 4 dopasowana do Gag HIV-1. Wstawka 1 (6 reszt aminokwasowych) i wstawka 2 (6 reszt aminokwasowych) w glikoproteinie szczytowej 2019-nCoV są w 100% identyczne z resztami zmapowanymi na HIV-1 gp120. Wstawka 3 (12 reszt aminokwasowych) w 2019-nCoV mapuje na HIV-1 gp120 z przerwami [patrz Tabela 1]. Wstawka 4 (8 reszt aminokwasowych) odwzorowuje na Gag HIV-1 z przerwami.
Chociaż 4 wstawki reprezentują niejednoznaczne krótkie odcinki aminokwasów w glikoproteinie kolczastej 2019-nCoV, fakt, że wszystkie trzy z nich mają wspólną identyczność lub podobieństwo aminokwasowe z HIV-1 gp120 i HIV-1 Gag (wśród wszystkich adnotowanych białek wirusa) sugeruje, że nie jest to przypadkowe odkrycie losowe. Innymi słowy, od czasu do czasu można oczekiwać przypadkowego dopasowania dla odcinka 6-12 sąsiadujących reszt aminokwasowych w niezwiązanym białku. Jednak jest mało prawdopodobne, aby wszystkie 4 wstawki w glikoproteinie szczytowej 2019-nCoV przypadkowo pasowały do 2 kluczowych białek strukturalnych niezwiązanego wirusa (HIV-1). Reszty aminokwasowe wstawek 1, 2 i 3 glikoproteiny kolczastej 2019-nCoV, które zmapowane na HIV-1 były częścią domen V4, V5 i V1 odpowiednio w gp120 [Tabela 1]. Ponieważ wstawki 2019-nCoV zmapowane na zmienne regiony HIV-1, nie były wszechobecne w gp120 HIV-1, ale były ograniczone do wybranych sekwencji HIV-1 [patrz S.File1] głównie z Azji i Afryki.
Białko Gag HIV-1 umożliwia interakcję wirusa z ujemnie naładowaną powierzchnią gospodarza (Murakami, 2008), a wysoki dodatni ładunek na białku Gag jest kluczową cechą interakcji między gospodarzem a wirusem. Analizując wartości pI dla każdej z 4 wstawek w 2019-nCoV i odpowiadające im odcinki reszt aminokwasowych z białek HIV-1 stwierdziliśmy, że a) wartości pI były bardzo podobne dla każdej analizowanej pary b) większość z tych wartości pI wynosiły 10 ± 2 [patrz Tabela 1]. Warto zauważyć, pomimo luk we wstawkach 3 i 4, wartości pI były porównywalne. Ta jednolitość wartości pI dla wszystkich 4 wkładek zasługuje na dalsze badanie. Ponieważ żadna z tych 4 wstawek nie jest obecna w żadnym innym koronawirusie, region genomu kodujący te wstawki reprezentuje idealnych kandydatów do zaprojektowania starterów, które mogą odróżnić 2019-nCoV od innych koronawirusów
Offline
C.d.
Tabela 1: Wyrównane sekwencje białka HIV-1 2019-nCoV i gp120 z ich pozycjami w pierwotnej sekwencji białka. Wszystkie wkładki mają wysoką gęstość dodatnio naładowanych reszt. Usunięte fragmenty we wstawce 3 i 4 zwiększają stosunek ładunku dodatniego do pola powierzchni. * patrz Supp. Tabela 1 dla numerów akcesyjnych Nowe wstawki są częścią miejsca wiązania receptora 2019-nCoV
Aby uzyskać wgląd strukturalny i zrozumieć rolę tych insercji w glikoproteinie 2019-nCoV, modelowaliśmy jej strukturę w oparciu o dostępną strukturę glikoproteiny kolca SARS (PDB: 6ACD.1.A). Porównanie modelowanej struktury ujawnia, że chociaż wstawki 1,2 i 3 znajdują się w niesąsiadujących miejscach w pierwotnej sekwencji białka, fałdują się, tworząc część miejsca wiązania glikoproteiny, która rozpoznaje receptor gospodarza (Kirchdoerfer i in., 2016) (Ryc. 4). Wstawka 1 odpowiada NTD (domena N-końcowa), a wstawki 2 i 3 odpowiadają CTD (domena C-końcowa) podjednostki S1 w glikoproteinie szczytowej 2019-nCoV. Wstawka 4 znajduje się na styku SD1 (subdomeny 1) i SD2 (subdomeny 2) podjednostki S1 (Ou i in., 2017). Spekulujemy, że te insercje zapewniają dodatkową elastyczność w miejscu wiązania glikoproteiny poprzez utworzenie hydrofilowej pętli w strukturze białka, która może ułatwić lub wzmocnić interakcje wirus-gospodarz.
Rycina 3. Modelowana homoptrimerowa glikoproteina kolca wirusa 2019-nCoV. Wstawki z białka otaczającego HIV pokazano za pomocą kolorowych perełek, obecnych w miejscu wiązania białka. Analiza ewolucyjna 2019-nCoV Spekulowano, że 2019-nCoV jest odmianą koronawirusa pochodzącego ze źródła zwierzęcego, które zostało przeniesione na ludzi.
Biorąc pod uwagę zmianę swoistości dla gospodarza, postanowiliśmy zbadać sekwencje glikoproteiny skokowej (białka S) wirusa. Białka są białkami powierzchniowymi, które pomagają wirusowi w rozpoznawaniu i przyłączaniu się wirusa. Tak więc zmiana tych białek może być odzwierciedlona jako zmiana specyficzności gospodarza wirusa. Aby poznać zmiany w genie białka S 2019-nCoV i jego konsekwencje w zmianach strukturalnych przeprowadziliśmy analizę in-sillico 2019-nCoV w odniesieniu do wszystkich innych wirusów. Wielokrotne dopasowanie sekwencji między sekwencjami aminokwasowymi białka S 2019-nCoV, Bat-SARS-Like, SARS-GZ02 i MERS ujawniło, że białko S ewoluowało z największą znaczącą różnorodnością w porównaniu z SARS-GZ02 (ryc. 1). Insercje w regionie białka Spike 2019-nCoV Ponieważ białko S 2019-nCoV ma najbliższe pochodzenie z SARS GZ02, sekwencję kodującą białka szpiku tych dwóch wirusów porównano za pomocą oprogramowania MultiAlin. Znaleźliśmy cztery nowe insercje w białku 2019-nCoV- „GTNGTKR” (IS1), „HKNNKS” (IS2), „GDSSSG” (IS3) i „QTNSPRRA” (IS4) (rysunek 2). Ku naszemu zdziwieniu, te insercje sekwencji były nie tylko nieobecne w białku S SARS, ale nie były również obserwowane w żadnym innym członku rodziny Coronavirida (rysunek uzupełniający). Jest to zaskakujące, ponieważ jest mało prawdopodobne, aby wirus uzyskał takie unikalne wstawki naturalnie w krótkim czasie.
Insercje mają podobne podobieństwo do HIV Insercje zaobserwowano we wszystkich sekwencjach genomowych wirusa 2019-nCoV dostępnych z ostatnich izolatów klinicznych (rysunek uzupełniający 1). Aby poznać źródło tych insercji w 2019-nCoV, przeprowadzono lokalne dopasowanie za pomocą BLASTp, używając tych insercji jako zapytania do całego genomu wirusa. Nieoczekiwanie wszystkie insercje zostały dostosowane do ludzkiego wirusa niedoboru odporności 1 (HIV-1). Dalsza analiza wykazała, że wyrównane sekwencje HIV-1 z 2019-nCoV pochodzą z powierzchniowej glikoproteiny gp120 (pozycje sekwencji aminokwasowych: 404-409, 462-467, 136-150) i białka Gag (366-384 aminokwasów) ( Tabela 1). Białko Gag wirusa HIV bierze udział w wiązaniu błony gospodarza, pakowaniu wirusa i tworzeniu cząstek podobnych do wirusa. Gp120 odgrywa kluczową rolę w rozpoznawaniu komórki gospodarza przez wiązanie z pierwotnym receptorem CD4. Wiązanie to indukuje zmiany strukturalne w GP120, tworząc miejsce wiązania o wysokim powinowactwie dla ko-receptora chemokin, takiego jak CXCR4 i / lub CCR5.
Dyskusja
Obecny wybuch 2019-nCoV wymaga dokładnego zbadania i zrozumienia jego zdolności do infekowania ludzi. Pamiętając, że nastąpiła wyraźna zmiana preferencji gospodarza z poprzednich koronawirusów na tego wirusa, badaliśmy zmianę w białku szczytowym między 2019-nCoV a innymi wirusami. Znaleźliśmy cztery nowe insercje w białku S 2019-nCoV w porównaniu z jego najbliższym krewnym, SARS CoV. Sekwencja genomu z ostatnich 28 izolatów klinicznych wykazała, że sekwencja kodująca te insercje jest zachowana wśród wszystkich tych izolatów. Wskazuje to, że te insercje zostały najlepiej pozyskane przez 2019-nCoV, co zapewnia dodatkową korzyść w zakresie przeżycia i infekcyjności. Wnikając głębiej, odkryliśmy, że te insercje były podobne do HIV-1. Nasze wyniki podkreślają zadziwiający związek między białkiem gp120 i białkiem Gag wirusa HIV z glikoproteiną szczytową 2019-nCoV. Białka te są krytyczne dla wirusów do identyfikacji i zaczepiania się o komórki gospodarza oraz do składania wirusów (Beniac i in., 2006). Ponieważ białka powierzchniowe są odpowiedzialne za tropizm gospodarza, zmiany w tych białkach implikują zmianę swoistości wirusa przez gospodarza. Według doniesień z Chin zaobserwowano wzrost swoistości gospodarza w przypadku 2019-nCoV, ponieważ wirus pierwotnie infekował zwierzęta, a nie ludzi, ale po mutacjach zyskał także tropizm u ludzi.
Idąc dalej, modelowanie 3D struktury białka wykazało, że te insercje są obecne w miejscu wiązania 2019-nCoV. Ze względu na obecność motywów gp120 w glikoproteinie kolczastej 2019-nCoV w jej domenie wiążącej, proponujemy, aby te wstawki motywu mogły zapewnić zwiększone powinowactwo do receptorów komórek gospodarza. Ponadto ta zmiana strukturalna mogła również zwiększyć zakres komórek gospodarza, które 2019-nCoV może zainfekować. Zgodnie z naszą najlepszą wiedzą funkcja tych motywów wciąż nie jest jasna w przypadku HIV i należy ją zbadać. Wymiana materiału genetycznego między wirusami jest dobrze znana i taka krytyczna wymiana podkreśla ryzyko i potrzebę zbadania relacji między pozornie niepowiązanymi rodzinami wirusów. Wnioski Nasza analiza glikoproteiny szczytowej 2019-nCoV ujawniła kilka interesujących odkryć: Po pierwsze, zidentyfikowaliśmy 4 unikalne wstawki w glikoproteinie szczytowej 2019-nCoV, które nie są obecne w żadnym innym koronawirycie zgłoszonym do tej pory. Ku naszemu zdziwieniu wszystkie 4 wstawki w zmapowanym 2019-nCoV
krótkie segmenty aminokwasów w gp120 wirusa HIV-1 i Gag wśród wszystkich adnotowanych białek wirusowych w bazie danych NCBI. To nieprawdopodobne podobieństwo nowych wstawek w białku szpiku 2019 nCoV do HIV-1 gp120 i Gag jest mało prawdopodobne. Co więcej, modelowanie 3D sugeruje, że co najmniej 3 z unikalnych wstawek, które nie są ciągłe w pierwotnej sekwencji białkowej glikoproteiny szczytowej 2019-nCoV, zbiegają się, tworząc kluczowe składniki miejsca wiązania receptora. Warto zauważyć, że wszystkie 4 wstawki mają wartości pI około 10, co może ułatwić interakcje wirus-gospodarz. Podsumowując, nasze ustalenia sugerują niekonwencjonalną ewolucję 2019-nCoV, która uzasadnia dalsze badanie. Nasza praca podkreśla nowatorskie aspekty ewolucyjne 2019-nCoV i ma wpływ na patogenezę i diagnozę tego wirusa.
Literatura Beniac, D. R., Andonov, A., Grudeski, E., & Booth, T. F. (2006). Architektura szczytowej fuzji koronawirusa SARS. Nature Structural and Molecular Biology, 13 (8), 751–752. https://doi.org/10.1038/nsmb1123 Biasini, M., Bienert, S., Waterhouse, A., Arnold, K., Studer, G., Schmidt, T., Kiefer, F., Cassarino, TG, Bertoni, M., Bordoli, L., i Schwede, T. (2014). SWISS-MODEL: Modelowanie struktury trzeciorzędowej i czwartorzędowej białka z wykorzystaniem informacji ewolucyjnej. Badania nad kwasami nukleinowymi. https://doi.org/10.1093/nar/gku340 Bosch, B. J., van der Zee, R., de Haan, C. A. M., i Rottier, P. J. M. (2003). Coronavirus Spike Protein jest białkiem fuzyjnym wirusa klasy I: strukturalna i funkcjonalna charakterystyka kompleksu rdzenia fuzyjnego. Journal of Virology, 77 (16), 8801–8811. https://doi.org/10.1128/jvi.77.16.8801-8811.2003 Chan, JF-W., Kok, K.-H., Zhu, Z., Chu, H., To, KK-W., Yuan , S., i Yuen, K.-Y. (2020). Charakterystyka genomowa nowatorsko-patogennego koronawirusa 2019 wyizolowanego od pacjenta z atypowym zapaleniem płuc po wizycie w Wuhan. Pojawiające się bakterie i infekcje, 9 (1), 221–236. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1719902 Chan, J. F. W., Lau, S. K. P., To, K. K. W., Cheng, V. C. C., Woo, P. C. Y. i Yuen, K.-Y. (2015). Zespół układu oddechowego na Bliskim Wschodzie Koronawirus: kolejny zoonotyczny wirus betakoronawirusa powodujący chorobę podobną do SARS. https://doi.org/10.1128/CMR.00102-14Chan, J., To, K., Tse, H., Jin, D., microbiology, K. Y.-T. w & 2013, nieokreślone. (n.d.). Przekazywanie międzygatunkowe i powstawanie nowych wirusów: lekcje od nietoperzy i ptaków. Elsevier. Corpet, F. (1988). Wyrównanie wielu sekwencji z hierarchicznym klastrowaniem. Badania nad kwasami nukleinowymi. https://doi.org/10.1093/nar/16.22.10881 DeLano, W. L. (2002). PyMOL Molecular Graphics System, wersja 1.1. Schr {ö} dinger LLC. https://doi.org/10.1038/hr.2014.17 Du, L., Zhao, G., Kou, Z., Ma, C., Sun, S., Poon, VKM, Lu, L., Wang, L ., Debnath, AK, Zheng, B.-J., Zhou, Y., i Jiang, S. (2013). Identyfikacja domeny wiążącej receptory w białku S nowatorskiego ludzkiego koronawirusa Bliski Wschód Zespół oddechowy Koronawirus jako niezbędny cel rozwoju szczepionki. Journal of Virology, 87 (17), 9939–9942. https://doi.org/10.1128/jvi.01048-13 .CC-BY-NC-ND 4.0 Licencja międzynarodowa Udostępniono na podstawie przedterminowego. preprint (który nie był recenzowany) jest autorem / fundatorem, który ma udzielił bioRxiv licencji na wyświetlanie przedruku w Właściciel praw autorskich do tego. http://dx.doi.org/10.1101/2020.01.30.927871doi: przedruk bioRxiv po raz pierwszy opublikowany online 31 stycznia 2020 r .;
Edgar, R. C. (2004). MIĘŚNIE: Wielokrotne wyrównanie sekwencji z wysoką dokładnością i wysoką przepustowością. Badania nad kwasami nukleinowymi. https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 Elbe, S., & Buckland-Merrett, G. (2017). Dane, choroby i dyplomacja: innowacyjny wkład GISAID w zdrowie na świecie. Globalne wyzwania. https://doi.org/10.1002/gch2.1018 Kirchdoerfer, RN, Cottrell, CA, Wang, N., Pallesen, J., Yassine, HM, Turner, HL, Corbett, KS, Graham, BS, McLellan, JS , I Ward, AB (2016). Struktura przedfuzji ludzkiego białka szczytowego koronawirusa. Natura. https://doi.org/10.1038/nature17200 Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., i Tamura, K. (2018). MEGA X: Molekularna analiza genetyki ewolucyjnej na różnych platformach obliczeniowych. Biologia molekularna i ewolucja. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096 Li, F. (2016). Struktura, funkcja i ewolucja białek szczytowych koronawirusa. Roczny przegląd wirusologii, 3 (1), 237–261. https://doi.org/10.1146/annurev-virology-110615-042301 Murakami, T. (2008). Role interakcji między białkami Env i Gag w cyklu replikacji HIV-1. Microbiology and Immunology, 52 (5), 287–295. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2008.00008.x
Ou, X., Guan, H., Qin, B., Mu, Z., Wojdyla, J. A., Wang, M., Dominguez, S. R., Qian, Z., i Cui, S. (2017). Struktura krystaliczna domeny wiążącej receptor glikoproteiny szczytowej ludzkiego betakoronawirusa HKU1. Komunikacja przyrodnicza. https://doi.org/10.1038/ncomms15216 Snijder, EJ, van der Meer, Y., Zevenhoven-Dobbe, J., Onderwater, JJM, van der Meulen, J., Koerten, HK, i Mommaas, AM (2006 ). Ultrastruktura i pochodzenie pęcherzyków błonowych związanych z kompleksem replikacji koronawirusa zespołu ostrego zespołu oddechowego. Journal of Virology, 80 (12), 5927–5940. https://doi.org/10.1128/JVI.02501-05 Zhou, P., Yang, X.-L., Wang, X.-G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W. , Si, H.-R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.-L., Chen, H.-D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R.-D., Liu, M.-Q., Chen, Y., Shen, X.-R., Wang, X., ... Shi, Z.-L. (2020). Odkrycie nowego koronawirusa związanego z niedawnym wybuchem zapalenia płuc u ludzi i jego potencjalnym pochodzeniem od nietoperzy. BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.01.22.914952 Zhu, N., Zhang, D., Wang, W., Li, X., Yang, B., Song, J., Zhao, X., Huang, B., Shi, W., Lu, R., Niu, P., Zhan, F., Ma, X., Wang, D., Xu, W., Wu, G., Gao, GF, & Tan, W. (2020). Nowy koronawirus od pacjentów z zapaleniem płuc w Chinach, 2019. New England Journal of Medicine, NEJMoa2001017. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
Offline
List prof. Majewskiej z oceną sytuacji w Chinach i informacje o korona wirusie 2019nCoV
Gwałtowny wybuch w Chinach epidemii krwotocznego zapalenia płuc spowodowanego przez nowego koronawirusa nazwanego „2019 nCoV” budzi powszechny strach na świecie. Epidemia początkowo wybuchła w mieście Wuhan, nieopodal którego znajduje się zaawansowany chiński instytut do badań wirologicznych, w którym prowadzone są tajne eksperymenty z najbardziej zabójczymi wirusami. Podejrzewa się, że jest to też miejsce produkcji wirusowych broni biologicznych.
Wiadomości dostarczane prze media są często sprzeczne, mało wiarygodne lub zakłamane. Podaje się, że w Chinach dotąd zachorowało kilka tysięcy osób, a umarło poniżej 300, ale podejrzewa się, że te liczby są bardzo zaniżone. Fakt, że rząd Chin odciął od świata kilka wielkich miast i prosi UE o pomoc w zwalczeniu tej epidemii, wskazuje, że nie panuje nad sytuacją. Różne doniesienia z mediów niezależnych informują, że w Wuhan na okrągło pracują krematoria i że zbudowany w ciągu 10 dni szpital to faktycznie kontenery-umieralnie, gdzie przechowuje się chorych do śmierci i stamtąd transportuje bezpośrednio do krematoriów.
Od początku tej epidemii podejrzewano, że wywołana jest ona przez wirusa, który wydostał się w wirologicznego laboratorium i był przygotowany jako broń biologiczna. Możliwe też, że ten epidemiczny wirus znajdował się w szczepionkach, które testowano na ludziach. Zgodnie z doniesieniami, takie testy przeprowadzano w Wuhan w grudniu 2019, kiedy wybuchła tam epidemia. Korporacyjne i rządowe media ostro zaprzeczały teoriom, że wirus może być bronią biologiczną i karmiły ludzi niedorzecznymi bajkami, że pochodzi od węży lub nietoperzy, którymi od stuleci żywią się Chińczycy.
Ostatnio jednak pojawiły się na Ostatnio jednak pojawiły się naukowe dowody, że wirus jest sztucznym produktem pochodzącym z laboratorium. Naukowcy z prestiżowego Hinduskiego Instytutu Technologii w New Delhi zbadali sekwencję białkowo-genetyczną wirusa z Wuhan i porównali ją do budowy i sekwencji innych wirusów. Odkryli, że generalnie jest to koronawirus, który wywołuje ciężkie krwotoczne zapalenie płuc, zwane po angielsku SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome), cechujące się dużą śmiertelnością. Ku zaskoczeniu badaczy, okazało się, że wirus ten zawiera także białkowe i genetyczne „wszywki” pochodzące od wirusów HIV, niespotykane u żadnego innego koronawirusa. Te obce białka służą wirusom HIV do rozpoznawania i przyczepiania się do komórek żywiciela (w tym przypadku człowieka) oraz do transportu wirusowego materiału genetycznego do komórek.
Powyższe badanie potwierdza domysły, że wirus z Wuhan jest sztucznie wyhodowanym tworem, łączącym w sobie struktury białkowo-genetyczne wirusów SARS i HIV, dlatego jest tak silnie zaraźliwy, groźny i zabójczy. Nadal nie wiadomo, czy opracowany był jako broń biologiczna czy miał służyć do produkcji szczepionek. Jeśli to ostatnie, to ewidentnie szczepionki te całkowicie zawiodły i stały się źródłem wielkiej epidemii, która nie wiadomo, jaki będzie mieć zasięg, jak się zakończy i ile pochłonie ludzkich istnień.
Ta wielka niewiadoma nakazuje zachowywać maksymalną ostrożność oraz izolację od zarażonych i potencjalnych nosicieli wirusa 2019 nCoV. Hinduskie badanie jest niezwykle ważne również dlatego, że sugeruje możliwe metody leczenia zarażonych tym wirusem z wykorzystaniem kombinacji leków stosowanych do leczenia infekcji koronawirusowych oraz HIV.
Offline
Offline
Ponieważ obawy przed nowym koronawirusem 2019-nCoV nadal rozprzestrzeniały się w zeszły piątek, nowy zapalny artykuł pojawił się na bioRxiv, serwerze przedruku, na którym naukowcy publikują prace, które nie zostały sprawdzone.
W artykule zatytułowanym „Niesamowite podobieństwo unikalnych wstawek w białku szpikowym 2019-nCoV do HIV-1 gp120 i Gag”, gazeta twierdzi, że znajduje podobieństwa między nowym koronawirusem a HIV, wirusem wywołującym AIDS. Użycie słowa „niesamowity” w tytule wraz z „mało prawdopodobnym przypadkiem” w streszczeniu doprowadziło niektórych do myślenia, że autorzy sugerują, że wirus został w jakiś sposób zaprojektowany przez ludzi.
Artykuł z instytucji akademickich w New Delhi w Indiach był krytyczny i niepokojący, jeśli to prawda. Tyle że nie było.
Artykuł został niemal natychmiast wycofany, ale nie wcześniej niż wiele ręcznych zwrotów od badaczy, którzy skarżyli się, że pojawienie się tak tandetnej pracy na serwerze przedruku bez sprawdzania przez recenzentów jest właśnie tym, dlaczego stary stary model publikacji naukowych lepiej powstrzymuje niepotrzebną naukę literatury.
Wsparcie STAT: STAT oferuje bezpłatną ochronę koronawirusa. Rozważ subskrypcję, aby wesprzeć nasze dziennikarstwo. Rozpocznij bezpłatny okres próbny już dziś.
Tyle że to nieprawda. Stary model ma oczywiście swoje zalety, ale jest również podatny na zagrożenie pseudonauką, złymi danymi i innymi wadami - pomimo armii recenzentów tradycyjnych czasopism naukowych. A kiedy publikacje te publikują złe lub błędne badania, poprawienie lub wycofanie dokumentów może zająć miesiące lub lata - jeśli w ogóle takie będą.
Natomiast reakcja środowiska naukowego na publikację bioRxiv była szybka. W skrócie, komentatorzy bioRxiv i Twitter stwierdzili, że metody autora wydawały się pospieszne, a ustalenia były co najwyżej zbiegiem okoliczności. Do sobotniego poranka bioRxiv umieścił specjalne ostrzeżenie we wszystkich papierach na temat koronawirusa. Później w sobotę autorzy skomentowali swój artykuł, mówiąc, że go wycofują. W niedzielę pojawiło się bardziej formalne wycofanie: „Ten artykuł został wycofany przez jego autorów. Zamierzają go zrewidować w odpowiedzi na komentarze otrzymane od społeczności naukowej na temat ich technicznego podejścia i interpretacji wyników. ”
Wszystko to wydarzyło się, zanim jakikolwiek serwis informacyjny objął gazetę, co najlepiej wiemy. Ale żaden z nich nie był wystarczająco szybki dla niektórych krytyków. „Właśnie dlatego wstępne odbitki mogą być złe”, powiedział jeden z naukowców na Twitterze. Ten naukowiec, Michael Shiloh, powiedział, że użył nawet bioRxiv do opublikowania wstępnych wydruków. „Co mnie w tym przedruku zepsuło, to że ten manuskrypt został poddany legalnej recenzji, wady doprowadziłyby do szybkiego odrzucenia i nie przyczyniłyby się do teorii spiskowych i strachu wokół wybuchu”, kontynuował Shiloh.
Historia sugeruje, że zaufanie Shiloha do zdolności recenzowania pseudonauki może być nieco niewłaściwe. Fałszywy artykuł z 1998 r., Który wywołał strach przed autyzmem szczepionkowym, został opublikowany w The Lancet, jednym z wiodących czasopism medycznych na świecie. Inne przykłady - w tym artykuł autorstwa zwolennika inteligentnego projektu kwestionujący zasadność drugiej zasady termodynamiki odnoszącej się do ewolucji - obfituje. Artykuły, które twierdzą, że istnieje związek między autyzmem a szczepionkami, pojawiają się prawie co roku.
Związane z:
Odciski wstępne mogą wypełnić pustkę w czasach gwałtownie zmieniającej się nauki
Nawet jeśli recenzowane czasopisma zdają sobie sprawę, że już je miały, wycofanie może potrwać miesiące lub lata. Lancet trwał 12 lat. Inne czasopismo zajęło pięć lat, aby wycofać artykuł, w którym twierdzono, że HIV nie powoduje AIDS. Możemy kontynuować, a lista zawiera dokumenty, które nigdy nawet nie zostały poprawione.
Ci, którzy twierdzą, że serwery do drukowania wstępnego są niebezpieczne, ponieważ nie mają wzajemnej oceny - bioRxiv ma proces sprawdzania prewencyjnego - czasami przyznają, że czasopisma musiały przyspieszyć swoją grę, aby sprostać presji epidemii, takiej jak koronawirus lub SARS na początku tego wieku . Angela Cochran, prezes Society for Scholarly Publishing, grupy handlowej dla wydawców, powiedziała na Twitterze: „Na początku tego tygodnia ludzie świętowali, że na serwerach z nadrukiem pojawiały się papiery koronawirusowe. Teraz jest przypomnienie, aby nie wykorzystywać ich do kierowania praktyką kliniczną, ponieważ nie zostały one przejrzane. Czasopisma przeglądają dokumenty koronawirusa i szybko je publikują ”.
Kent Anderson, inny weteran branży wydawniczej, ujął to bardziej otwarcie: „Journals Win The Coronavirus Race”.
Od co najmniej pół wieku wydawcy szukają sposobów na zdobycie punktów za - i zamknięcie - wstępnych wydruków. Czasopisma szybko opublikowały już wiele ważnych artykułów na temat nowego koronawirusa, bez wątpienia. Bohaterowie branży wydawniczej często mówią szybko, że szybka recenzja nie oznacza niechlujnej recenzji - nawet w przypadkach wymagających ogromnych poprawek.
Okazuje się teraz, że jeden z wiodących czasopism medycznych na świecie, New England Journal of Medicine, opublikował w zeszłym tygodniu list o pozornej transmisji koronawirusa od bezobjawowej osoby, która okazuje się błędna. Takie listy do redaktora zazwyczaj nie są recenzowane, a przynajmniej nie tak rygorystycznie jak pełne badanie. Jest to jednak rażący przykład tego, w jaki sposób czasopismo recenzowane może popełnić błąd. Teraz musimy poczekać i zobaczyć, ile czasu zajmuje NEJM poprawienie rekordu.
Zobaczymy, czy bohaterowie recenzujący, którzy często nie chcą - z pewnymi godnymi uwagi i wyjątkowymi wyjątkami - przyznać, jak powolna i nieskuteczna korekta w nauce może być, zauważmy tę widoczną porażkę jednego z ich strażników. Może to w końcu spowodować, że niektóre osoby będą kwestionować drogie oferty subskrypcji, które uniwersytety zgadzają się z wydawcami, a także opłaty za przetwarzanie artykułów, które mogą sięgać tysięcy dolarów za publikacje o otwartym dostępie.
Recenzja może dodać cenny filtr. Ale ci, którzy pracują w branży wydawniczej, wydają się być tak przywiązani do istniejącego procesu, że nie mogą przyznać się do jego wad - lub że dobrym pomysłem może być także włączenie serwerów preprint, które mogłyby ulepszyć ich modele biznesowe. Podobnie jak w polityce, być może nadszedł czas, aby zgodzić się, że proces wydawania jest bałaganiarski, i przestać używać pojedynczych odcinków, bez kontekstu, aby zdobywać punkty w stosunku do rywali.
Ten artykuł został zaktualizowany o informacje o błędnym raporcie w New England Journal of Medicine.
Offline
A JEDNAK BROŃ BIOLOGICZNA!!!
Offline
Offline
Ibuprofen i koronawirus - Francuski Minister Zdrowia ostrzega!
Offline
https://translate.google.pl/translate?h … rev=search
Ostrzeżenie jest ważne dla tych, którzy praktykują samoleczenie w obliczu objawów koronawirusa Covid-19 . W tweet w sobotę 14 marca Minister Zdrowia zalecanej Olivier Veran leki przeciwzapalne, takie jak ibuprofen lub kortyzon, jak to może być „czynnikiem nasilenia zakażenia.” Aby zwalczyć gorączkę, jeden z możliwych objawów wirusa, zaleca stosowanie paracetamolu.
Wpływ na obronę immunologiczną
„ Leki przeciwzapalne mają działanie immunosupresyjne” - to znaczy hamuje aktywność układu odpornościowego - „ który sprzyja infekcjom. Mają działanie„ przypominające ”, wyjaśnia francja informacje Alexandre Bleibtreu, lekarz chorób zakaźnych w Pitié-Salpêtrière w Paryżu. „Mogą również maskować objawy i wywoływać szkodliwe skutki uboczne” - dodaje Astrid Vabret, kierownik działu wirusologii w CHU de Caen.
Offline
https://blog.magicznyogrod.pl/artykuly/ … s0-xqqXGHs
Bolesna prawda jest taka, że żyjemy w czasach narastającej destrukcji ekosystemów naszej planety. Wraz z jej postępem coraz więcej drobnoustrojów patogennych będzie wyłaniać się z niszczonych nisz ekologicznych i infekować gatunek ludzki. (Prawie zawsze taki przeskok zachodzi ze swoistych dla danego regionu gatunków zwierzęcych). Groźny patogen, z którym obecnie mamy do czynienia, nazywa się SARS-Cov-2, a infekcja, którą powoduje – COVID-19. I owszem, to może być mylące, że kiedy mowa o wirusie, pada nazwa Cov-2, ale kiedy staje się infekcją – COVID-19. (Tylko dlatego, że pewna grupa ludzi może poszczycić się wysokim stopniem naukowym, nie oznacza, że ma wystarczająco dużo rozsądku lub wiedzy, jak należy mówić do ludzi żyjących w realnym świecie).
Wcale nie uważam, że będzie to miało dla nas – stojących na linii frontu, ale niemających tytułów doktorskich – jakikolwiek realny pożytek, jednak dla porządku podaję, że koronawirusy to wirusy mające osłonkę oraz nić RNA o dodatniej polarności. Mają największy genom ze wszystkich wirusów. (To w ogóle nie pomaga, prawda?). Jak większość wirusów RNA, koronawirusy regularnie rekombinują swój kod genetyczny, czyli nieustannie tworzą nowe warianty siebie samych. Wirusy są jednymi z najbardziej adaptacyjnych organizmów na tej planecie.
Mimo to, że jakieś farmaceutyki przeciwwirusowe istnieją, jedynym rzeczywistym przeciwdziałaniem takim infekcjom, które medycynie zachodniej udało się opracować, są szczepionki. Niestety, aby stworzyć szczepionkę przeciwko nowemu patogenowi, na ogół potrzeba około roku. (Tak więc zanim będziemy mieli szczepionkę przeciwko COVID-19 musi minąć trochę czasu i przypuszczalnie, podobnie jak pierwsza szczepionka przeciwko SARS, będzie ona jedynie częściowo skuteczna). Ponadto, ponieważ wirusy mają tendencję do nieustannego przebudowywania swojego genomu, na choroby wirusowe, jaką jest na przykład grypa, co roku muszą być wytwarzane nowe szczepionki. Prawie zawsze paradygmaty medycyny zachodniej znacznie gorzej radzą sobie z patogenami wirusowymi niż bakteryjnymi (niemniej jednak sensowna kontrola zakażeń bakteryjnych okazuje się trudniejsza niż pierwotnie zakładano).
Co wiemy na temat koronawirusa SARS-Cov-2?
Istnieje z tuzin, a może dwa znanych koronawirusów. Wśród nich, według aktualnej wiedzy, jest siedem (na ten moment), które infekują ludzi. Pierwszym, który wzbudził poważne zaniepokojenie na skalę międzynarodową, był wirus SARS powodujący zespół ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (ang. Sudden Acute Respiratory Syndrome). Nowy pandemiczny koronawirus jest jego bardzo bliskim krewnym i dlatego ma nazwę SARS-Cov-2. Wirus SARS-Cov-2, podobnie jak pierwotny wirus SARS, staje się groźnym patogenem, kiedy zaczyna się rozprzestrzeniać, a niestety, w porównaniu z pierwotnym wirusem, jest znacznie bardziej agresywny. Analiza danych dotyczących pierwszych 75 000 zakażonych, ujawniła, że wskaźnik śmiertelności dla wirusa SARS-Cov-2 wynosi około 2,3%, co oznacza, że jest on jakieś 23 razy bardziej śmiertelny niż sezonowe infekcje grypą (dlatego ogólnoświatowa pandemia mogłaby faktycznie być bardzo groźna). Podobnie jak patogeny grypy, koronawirus atakuje głównie płuca i najczęściej rozsiewa się drogą kropelkową – zatem bezpośredni kontakt z wydzielinami organizmu również może doprowadzić do zakażenia.
Tak jak w przypadku większości wirusów układu oddechowego, zakażenie powoduje kaszel i kichanie, co ma ułatwić wirusowi zaatakowanie kolejnych gospodarzy. (Wielu zakażonych nie ma żadnych objawów lub jedynie łagodne – przebiegłe wirusy wykorzystują ich jako nosicieli do rozsiewania infekcji). Niestety, koronawirus jest również w stanie przetrwać przez względnie długi czas na większości powierzchni, przez co czasami może zostać przeniesiony także przez dotyk. (Chwytasz klamkę, potem dotykasz ust lub nosa… i gotowe).
Podobnie jak patogeny grypy, koronawirus atakuje głównie płuca
SARS i MERS (ang. Middle East Respiratory Syndrome – bliskowschodni zespół niewydolności oddechowej powodowany przez spokrewniony patogen wirusowy) często infekują również przewód pokarmowy. U około jednej czwartej zakażonych występuje dość ciężka biegunka. W pierwszych badaniach nad nowym koronawirusem obecność cząstek wirusowych stwierdzono w próbkach kału, co wskazuje, że wirus może rozprzestrzeniać się również przez odchody (podobnie jak SARS i MERS), a zwłaszcza przez mocz (również podobnie jak SARS i MERS).
Tak jak w przypadku pierwotnego wirusa SARS, wirus Cov-2, kiedy dojdzie do zakażenia, wykazuje pewnego rodzaju trzystopniowy wpływ na tkankę płuc: w początkowym stadium infekcji następuje replikacja wirusa; następnie uruchamia się odpowiedź odpornościowa, która w poważniejszych przypadkach może rozwinąć się w immunologiczną hiperreaktywność; ostatecznie dochodzi do uszkodzenia płuc – od stosunkowo łagodnego do bardzo ciężkiego. W związku z tym większość zakażeń zazwyczaj bardzo przypomina grypę. W istocie większość osób będzie przekonana, że ma grypę, a nie zakażenie koronawirusem. Faktem jest, że choroba w około trzech czwartych przypadków ma przebieg względnie łagodny. Jedynie około 18% zakażonych przechodzi ciężką infekcję. Większość z nich to osoby starsze, czyli takie, które z powodu wieku mają słabszą odporność, osoby o upośledzonych funkcjach odpornościowych i osoby przewlekle chore, na przykład na POChP.
Co się dzieje, gdy dojdzie do zakażenia koronawirusem?
Oto jak poważne zakażenie wirusem Cov-19 wpływa na płuca – w dużym uproszczeniu. Kiedy wirus wejdzie do płuc, infekuje określone komórki, w tym rzęski komórkowe. Rzęski można porównać do maleńkich włosków. Wystają z komórek płucnych i nieustannie się poruszają, jak fale na oceanie. To umożliwia przemieszczanie się śluzu i cząstek stałych w górę płuc i poza płuca.
Podczas zakażenia wirusy SARS często niszczą rzęski, przez co wszelkie resztki i płyny odkładają się w płucach (dochodzi do zapalenia płuc). Kiedy infekcja wejdzie w tak poważne stadium, układ odpornościowy może się silnie uaktywnić. Wówczas do płuc wysyłane są ogromne liczby komórek odpornościowych, które mają zatrzymać infekcję, pozbyć się resztek i zagoić tkanki.
W dużym uproszczeniu (ponownie), zainfekowane komórki wysyłają chemiczne cząsteczki informacyjne, które (mimo to, że są bardzo zróżnicowane i różnie nazywane) ja grupuję pod wspólną nazwą: cytokiny. (W zasadzie to naprawdę jeden pies; wszystkie są cząsteczkami informacyjnymi, które podczas infekcji pełnią w organizmie różne funkcje).
Kiedy wirus Cov-2 znajdzie swoje preferowane komórki, wykorzystuje bardzo swoiste i ugruntowane ewolucyjnie strategie, aby dostać się do ich wnętrza, przejąć nad nimi kontrolę i użyć ich struktur do rozmnożenia. Następnie rozrywa te komórki, uwalniając do organizmu nowe wirusy, które mogą zainfekować kolejne komórki, a te powtarzają ten cykl i tak dalej, bez końca. W trakcie tego procesu wirusy wywołują kaszel, aby zainfekować więcej ssaków, czyli rozsiać zakażenie na nowych gospodarzy.
Do zarażenia koronawirusem najczęściej dochodzi drogą kropelkową
Należy mieć świadomość, że wirusy są jednymi z najstarszych istot żywych na tej planecie. (Wielu biologów uparcie utrzymuje, że wirusy nie są „żywe”. Oczywistym jest, że żaden posiadacz mózgu się z tym nie zgodzi). Wirusy powstały kilka miliardów lat temu. Są zatem niemal doskonałe w tym, co robią, i – jak wszystkie istoty żywe – nieustannie uczą się, adaptując swoje zachowanie do zmieniających się okoliczności. Z kolei rośliny liczą zaledwie około miliard lat, a złożone rośliny lądowe jedynie jakieś 300 milionów lat. Dla kontrastu, nasi najdawniejsi hominidowi przodkowie powstali najwyżej 1–2 miliony lat temu, a nasz gatunek, w postaci w jakiej istnieje do dziś, ma zaledwie około 35 000 lat. Medycyna zachodnia (hojnie licząc) ma jakieś 200 lat, a jej wiedza na temat patogenów i infekcji wirusowych zaledwie około 50 lat. W dużej części wciąż jest elementarna, a czasami nawet błędna (bo opiera się na przedawnionych modelach ekologicznych i nieaktualnym medycznym rozumowaniu).
Wszystkie patogeny, aby osiągnąć własne cele, w wyrafinowany sposób modulują cytokiny człowieka. Nauczyły się, jak omijać jego prawidłowe reakcje odpornościowe, ułatwiając sobie wtargnięcie do organizmu, reprodukcję i przeniesienie infekcji na kolejnych gospodarzy. Starsze lub upośledzone układy odpornościowe w obliczu zaawansowanych mechanizmów infekcyjnych wirusów nierzadko nie są w stanie na nie adekwatnie odpowiedzieć – zostają przez nie stłamszone.
Odpowiedzi cytokinowe często prowadzą do powstania w organizmie stanu zapalnego (jest to prawidłowy i ważny element procesu zdrowienia i reakcji na chorobę). Niektóre infekcje, których układ odpornościowy nie jest w stanie skutecznie stłumić, powodują powstanie stopniowo nasilającej się kaskady zapalnej (nazywanej również burzą cytokinową) – czasami ekstremalnie groźnej. W przypadku wirusów z grupy SARS uszkodzenia zwykle powstają w płucach. Nawet jeśli chory wyzdrowieje, mogą minąć lata zanim samoistnie się naprawią. A gdy będą bardzo poważne, mogą nawet doprowadzić do śmierci.
Takie burze cytokinowe poprzez krew mogą rozprzestrzenić się po całym organizmie i w niektórych przypadkach spowodować coś, co nazywamy wstrząsem septycznym. Ponieważ krew przepływa przez wątrobę i nerki, są to jedne z pierwszych narządów, które burza cytokinowa stopniowo niszczy. Ostatecznie narządy te przestają pracować i wkrótce dochodzi do śmierci. (W przypadku MERS ciężkie uszkodzenie nerek występuje bardzo często).
Mechanizmy infekowania komórek oraz interwencje naturalne
Wirusy z grupy SARS, kiedy dostaną się do organizmu, przyczepiają się do tak zwanej konwertazy angiotensyny 2 (ang. angiotensin-converting enzyme-2, ACE-2) znajdującej się na powierzchni komórek. ACE-2 to integralne białko błonowe występujące na wielu rodzajach komórek w całym organizmie, w tym w płucach (w mniejszych ilościach w tkance nosa i zatok), przewodzie pokarmowym, sercu, komórkach naczyniowych i nerkach.
ACE-2 jest ściśle zaangażowana w regulację systemu renina-angiotensyna (ang. renin-angiotensin system, RAS). System RAS jest aktywny w całym organizmie i w większości jego narządów, w tym w płucach, śledzionie, węzłach chłonnych, nerkach (gdzie reguluje nerkową homeodynamikę elektrolitową), układzie naczyniowym (gdzie reguluje zwężanie i rozszerzanie naczyń) i tak dalej. System RAS ma kluczowe znaczenie dla prawidłowego funkcjonowania większości tych narządów.
ACE-2 pełni wiele funkcji regulacyjnych, między innymi przekształca angiotensynę 2 (Ang-2) w inne postacie cząsteczkowe o słabszym działaniu. (Angiotensyna 2 to cząsteczka silnie bioaktywna, ACE-2 reguluje/moduluje jej aktywność).
Lukrecja (Glycyrrhiza spp.) chroni enzym ACE-2 (konwertazę angiotensyny 2) przed infekcją koronawirusem (ilustracja wykonana przez H. Köhlera, opublikowana w książce Köhler’s Medizinal-Pflanzen w 1887 r.)
Zioła przydatne w leczeniu zakażeń koronawirusem
Wirusy z grupy SARS przyczepiają się do ACE-2 na powierzchniach wszystkich komórek, które ten enzym zawierają (włączając rzęski w płucach). (Ziołami, które chronią ACE-2 są Glycyrrhiza spp. [lukrecja], korzeń Scutellaria baicalensis [tarczycy chińskiej], Sambucus spp. [bez czarny], luteolina, Aesculus hippocastanum [kasztanowiec pospolity], korzeń Polygonum cuspidatum [rdestowca japońskiego], Rheum officinale oraz rośliny bogate w procyjanidiny i lektyny [np. cynamon]).
ACE-2 stanowią „bramkę” umożliwiającą koronawirusom wejście do docelowej tkanki. Kiedy ACE-2 zostaną uszkodzone na skutek przyczepienia i penetracji wirusów, poziom ACE-2 w płucach (lub innym dotkniętym narządzie) spada, funkcja ACE-2 słabnie lub zanika, system RAS przestaje być prawidłowo regulowany. W płucach obserwuje się wówczas wzrost przepuszczalności naczyniowej, obrzęk i nagromadzenie neutrofili, przez co narząd ten zaczyna coraz gorzej funkcjonować.
Aktywność ACE-2 zwykle słabnie również z wiekiem. Jest to częściowo powód, dla którego wirusy z grupy SARS są groźniejsze dla osób w podeszłym wieku. (Ziołami, które zwiększają ekspresję ACE-2, dzięki czemu poziom tego enzymu w organizmie wzrasta, są Pueria spp. [kudzu], Salvia miltiorrhiza [szałwia czerwona], i Ginkgo biloba). Inhibitory ACE (w przeciwieństwie do stymulatorów ACE-2) właściwie zwiększą obecność ACE-2 i pomogą zabezpieczyć płuca przed uszkodzeniem. (Przykładami ziół, które mają takie działanie, są Crataegus spp. [głóg] i Pueraria spp. [kudzu]).
Kiedy dojdzie do zakażenia wirusem z grupy SARS, uruchamia się kaskada cytokin zapalnych, przede wszystkim: IFN-gamma, CXCL10, IL-1β, TNF-α i IL-6 – IL-6 szczególnie. U około połowy zakażonych wzrasta poziom RANTES, MCP-1, IL-8. Silnie stymulowany jest szlak p38 MAPk. Wraz z postępem infekcji wzrastają poziomy PGE2 i TGF-β (razem z późniejszym podwyższeniem IL-2). (Salvia miltiorrhiza jest silnym adaptogenem cytokinowym, działającym swoiście w takich przypadkach; normalizuje dysfunkcję cytokin).
Bardzo pomocne może być obniżenie poziomu TGF (ziołami, które mogą tego dokonać, są Angelica sinensis i Astragalus spp.). Kaskady cytokinowe uruchamiane w przebiegu zakażeń z grupy SARS mogą spowodować podwyższenie poziomu HMGB1, zwłaszcza w ciężkich przypadkach choroby (poziom HMGB1 swoiście obniża Salvia miltiorrhiza). Kaskady cytokinowe inicjują masowe przemieszczanie się komórek odpornościowych, ich naciek i nagromadzenie w tkankach płuc. Na ogół im zainfekowane zwierzę (człowiek lub inne) jest starsze, tym silniejsza stymulacja cytokin i tym gorsze skutki.
Zaobserwowano, że zdecydowane obniżenie poziomu IL-1β istotnie zmniejsza dotkliwość choroby i zapobiega jej skutkom śmiertelnym. (Ziołami, które zmniejszają poziom IL-1β, są na przykład Polygonum cuspidatum [rdestowiec japoński], Scutellaria baicalensis [tarczyca chińska], Cordyceps spp., Pueraria (kudzu) i Eupatorium perfoliatum [sadziec przerośnięty]).
W zakażonych komórkach (i u zainfekowanych osób) często występuje ciężka hipoksja (niedobór tlenu). Stymulowane przez system RAS niedotlenienie, przez gwałtowny wzrost Ang-2 (np. w cyklu uszkodzenia hipoksja-ponowne dotlenienie), generuje w komórkach wysoki poziom wolnych rodników. Komórki produkują duże ilości nadtlenku wodoru i rodników ponadtlenkowych. Komórki nabłonkowe porowacieją i tracą integralność. Integralność tracą również narządy. Wkrótce nadmierna ilość Ang-2 (na skutek niszczenia przez wirusa komórek zawierających ACE-2) powoduje rozległe uszkodzenie płuc. Upośledzeniu ulegają również tkanki węzłów chłonnych i śledziony.
Ochrona komórek przed niedotlenieniem znacząco zmniejsza zniszczenie tkanki płuc. (Funkcję tę swoiście zapewni Rhodiola. Chroni przed indukowanym hipoksją uszkodzeniem, zwiększa wewnątrzkomórkową dyfuzję tlenu, a także wydajność wykorzystania tlenu).
Przypomnę, że koronawirus atakuje w szczególności komórki urzęsione (i replikuje się w nich), niszczy je same oraz ich zdolność do odprowadzania śluzu w górę płuc i poza płuca. (Ziołami działającymi ochronnie na rzęski są Cordyceps spp., oliwa z oliwek i liście oliwne, dowolne rośliny zawierające berberynę oraz Bidens pilosa).
Produkowane są autoprzeciwciała, które zaczynają atakować komórki nabłonkowe i śródbłonkowe gospodarza, potęgując zniszczenia. Hamowanie autoimmunizacji (Rhodiola, Astragalus, Cordyceps spp.) i ochrona komórek śródbłonkowych (korzeń Polygonum cuspidatum [rdestowca japońskiego]) są kluczowe.
Autopsje osób, które zmarły na skutek zakażenia wirusem z grupy SARS, ujawniły ciężkie uszkodzenie pęcherzyków płucnych. Stwierdzono rozległe uszkodzenia płucnych węzłów chłonnych, ciężką martwicę miazgi białej i zatoki brzeżnej śledziony, zniszczenie ośrodków rozmnażania w limfie, apoptozę limfocytów i naciek monocytów. Ochrona śledziony i limfy jest kluczowa (Ceanothus spp. [prusznik], korzeń Phytolacca [szkarłatki], korzeń Scutellaria baicalensis [tarczycy chińskiej], Salvia miltiorrhiza, Bidens pilosa).
Chociaż wirusy z grupy SARS często replikują się w urzęsionych komórkach nabłonkowych, robią to również w komórkach dendrytycznych (ang. dendritic cells, DC), zarówno dojrzałych, jak i niedojrzałych. Nie zabijają komórek DC, a jedynie uniemożliwiają ich dojrzewanie, a przez to blokują stymulację skutecznej adaptacyjnej odpowiedzi odpornościowej.
Komórki DC występują w dużych ilościach bezpośrednio pod warstwą nabłonka w tkance płucnej. Stymulowane przez infekcję cytokiny sprawiają, że śródbłonek staje się znacznie bardziej porowaty, co umożliwia wirusom penetrację i zainfekowanie komórek DC. Koronawirus bardzo silnie zwiększa ekspresję IL-6 i IL-8 w komórkach nabłonkowych. Cytokiny te koncentrują się wokół niedojrzałych komórek DC i silnie hamują ich dojrzewanie, a tym samym zdolność do aktywacji limfocytów T. Hamuje to powstanie aktywnych limfocytów T i umożliwia wirusowi wejście do narządów limfatycznych w płucach i ich poważne uszkodzenie. Stymulacja dojrzewania komórek DC (Cordyceps spp.) oraz zwiększenie liczby limfocytów T (Glycyrrhiza spp. [lukrecja], Ceanothus [prusznik], Sambucus spp. [bez czarny] i cynk) mogą pomóc złagodzić objawy i zmniejszyć nasilenie choroby.
Protokół naturalny na infekcje wirusowe z grupy SARS, w tym Cov-19
Cel był taki, aby znaleźć rośliny, które będą przeciwdziałać działaniom wirusów z grupy SARS, następnie skorelować je ze sobą w celu wybrania takich, które pojawiają się w większości kategorii działań i które mają tradycję stosowania w tego rodzaju zakażeniach. Potrzebne są rośliny, które wykazują następujące aktywności:
Swoiste działanie przeciwwirusowe wobec wirusów z grupy SARS. Najsilniejsze z do tej pory poznanych to korzeń Scutellaria baicalensis (tarczycy chińskiej), Houttuynia spp., Isatis spp., Glycyrrhiza spp. (lukrecja), Forsythia suspensa (owoc), Sophora flavescens i Lycoris radiata (bardzo silna). Przeciwko koronawirusom jako grupie skutecznie działają również Lonicera japonica i Polygonum cuspidatum.
Blokowanie przyczepiania wirusów do ACE-2. Swoiście w ten sposób działają Glycyrrhiza spp. (lukrecja), korzeń Scutellaria baicalensis (tarczycy chińskiej), Sambucus spp. (bez czarny), luteolina, Aesculus hippocastanum (kasztanowiec pospolity), korzeń Polygonum cuspidatum (rdestowca japońskiego), Rheum officinale i rośliny bogate w procyjanidyny i lektyny (np. Cinnamomum, tj. cynamon).
Stymulacja i ochrona ekspresji ACE-2, zwiększenie aktywności tego enzymu (zwłaszcza u osób starszych) i obniżenie poziomu Ang-2. Ziołami działającymi swoiście w ten sposób są Pueria spp. (kudzu), Salvia miltiorrhiza (szałwia czerwona) i Ginkgo biloba. Zastosuj inhibitory ACE (w przeciwieństwie do stymulatorówACE-2) do zwiększenia obecności ACE-2 i jako wsparcie w ochronie płuc przed uszkodzeniem: swoiście zadziałają Crataegus spp. (głóg) i Pueraria spp. (kudzu).
Modulacja odpowiedzi cytokin (Salvia miltiorrhiza), w tym obniżenie poziomu TGF (Angelica sinensis [dong quai], Astragalus monghilicus), regulacja poziomu HMGB1 (Salvia miltiorrhiza) i obniżenie poziomu IL-1β (Polygonum cuspidatum [rdestowiec japoński], Scutellaria baicalensis [tarczyca chińska], Cordyceps spp., Pueraria [kudzu] i Eupatorium perfoliatum [sadziec przerośnięty]),
Ochrona komórek płuc przed niedotlenieniem (Rhodiola spp.).
Ochrona rzęsek (Cordyceps spp., oliwa z oliwek i liście oliwne, dowolne rośliny zawierające berberynę oraz Bidens pilosa).
Hamowanie autoimmunizacji i wzmocnienie prawidłowych funkcji odpornościowych (Rhodiola, Astragalus spp., Cordyceps spp.).
Ochrona komórek śródbłonkowych (korzeń Polygonum cuspidatum [rdestowca japońskiego]).
Ochrona śledziony i układu limfatycznego (Ceanothus spp. [prusznik], korzeń Phytolacca [szkarłatki], korzeń Scutellaria baicalensis [tarczycy chińskiej], Salvia miltiorrhiza, Bidens pilosa).
Stymulacja dojrzewania komórek DC (Cordyceps spp.) oraz zwiększanie liczby limfocytów T (Glycyrrhiza spp. [lukrecja], Ceanothus [prusznik], Sambucus spp. [bez czarny] i cynk).
Proponowane protokoły
Ogólny protokół ochronny: Preparat Shuanghuanglian. (Uwaga: w poprzednim wybuchu SARS w Chinach zaobserwowano, że preparat ten jest bardzo skuteczny – przegląd wspomnianych już mechanizmów wskazuje dlaczego. Obecnie jest w Chinach testowany w badaniach klinicznych pod kątem leczenia zakażeń wirusem Cov-19). Preparat składa się z owocu Forsythia suspensa (2 części), Lonicera japonica (1 część), Scutellaria baicalensis (1 część).
Sugerowana dawka: 1 łyżeczka 3x dziennie. Aczkolwiek: Zalecam dodać preparat na odporność z protokołu poniżej, aby najskuteczniej zaktywować prawidłowe funkcje odpornościowe przeciwko temu konkretnemu wirusowemu patogenowi.
Protokół leczenia zakażeń z grupy SARS: Protokół obejmuje trzy następujące nalewki.
Preparat podstawowy: Scutellaria baicalensis (3 części), Polygonum cuspidatum (2 części), Pueraria (2 części), Glycyrrhiza (1 część), nalewka z odwaru z liści Sambucus (1 część). Dawka: 1 łyżeczka 3x dziennie; w przypadku ostrego przebiegu 1 łyżeczka 6x dziennie.
Preparat na odporność: Cordyceps (3 części), Angelica sinensis (2 części), Rhodiola (1 część), Astragalus (1 część). Dawka: Tak samo jak wyżej.
Ochrona komórek/ modulacja cytokin/ wsparcie śledziony i układu limfatycznego: Salvia miltiorrhiza (3 części), Ceanothus (2 części), Bidens pilosa (1 część). Dawka: Tak samo jak wyżej.
Kilka słów komentarza na temat przygotowania preparatów
„Część” oznacza zastosowaną ilość materiału roślinnego. Tak więc, jeśli masz już gotowe nalewki, wówczas – mierząc w uncjach objętościowych (które odpowiadają 30 ml w systemie metrycznym) – w przypadku preparatu podstawowego należy zmieszać ze sobą trzy uncje nalewki z Scutellaria baicalensis, po dwie uncje nalewki z Polygonum cuspidatum i nalewki z Pueraria oraz po jednej uncji nalewki z Glycyrrhiza i nalewki z odwaru z liści Sambucus. Dawka jak wyżej. (Uwaga: Jeśli chcesz samodzielnie przygotować nalewki, zapoznaj się z instrukcjami zawartymi w rozdziale o sporządzaniu leków w mojej książce Herbal Antibiotics, wydanie drugie, lub w dowolnym odpowiednim źródle).
Preparaty z liści i kory bzu czarnego (Sambucus nigra) działają silnie przeciwwirusowo
O nalewce z odwaru z liści bzu czarnego (Sambucus)
Raczej nie jest dostępna komercyjnie. (Obszerny rozdział na temat bzu czarnego zawarłem w mojej książce Herbal Antivirals). Liście i kora bzu czarnego to nadzwyczaj skuteczne leki na wiele różnych problemów, w tym na patogeny wirusowe. Niestety, zła prasa, którą miał na początku dwudziestego wieku za sprawą moich przeciwników z obozu aktywistów medycznych, spowodowała, że rozsiała się plotka, że bez czarny (Sambucus) jest trujący. Nie jest. W malejącej kolejności, kora, liście i jagody mogą powodować wymioty u niektórych osób, nie u wszystkich. (Na ogół mnie to nie dotyczy i stosuję nalewki niegotowane). Jest to uzależnione od dawki i indywidualnej podatności. Aczkolwiek, jeśli zioło zostanie podgotowane (tj. jeśli przygotujemy z niego odwar), składniki powodujące wymioty, zostaną zdezaktywowane. Uwaga: Liście i kora działają znacznie silniej przeciwwirusowo niż jagody lub kwiaty. Nie zalecam stosowania jagód do walki z koronawirusem; w mojej opinii ich działanie jest za słabe. Sposób przygotowania nalewki z odwaru z liści bzu czarnego: Gotuj cztery uncje wysuszonych liści bzu czarnego (lub dwie uncje świeżych) w dwóch kwartach wody aż objętość płynu zredukuje się o połowę. Ostudź, odsącz, a następnie zmierz objętość otrzymanego płynu. Dodaj do tego 25% czystego spirytusu. Jeśli w miejscu, w którym mieszkasz, zakup czystego spirytusu (zawartość alkoholu 95%) nie jest możliwy, to po schłodzeniu i odsączeniu przelej płyn z powrotem do garnka i ponownie zredukuj o połowę. Znów odstaw do schłodzenia, zmierz objętość i dodaj taką samą ilość 40- do 50-procentowej wódki, lepiej 50-procentowej. Mam nadzieję, że wkrótce taką nalewkę będzie można nabyć komercyjnie.
Przykłady innych roślin uznanych za aktywne przeciwko koronawirusom z grupy SARS
Artemisia annua, Cassia tora, Cibotium barometz, Dioscorea batatas, Eucalyptus spp., Gentiana scabra, Linera aggregate, Lonicera japonica, Panax ginseng, Polygonum multiflorum, Taxillus chinensis, Pyrrosia lingua i Rheum officinale.
***
Autor tekstu: Stephen Harrod Buhner
Tłumaczenie na język polski: Alicja Głuszak
Bibliografia:
Bandara, M. et al. Indigenous herbal recipes for treatment of liver cirrhosis, Procedia Chemistry 14 (2015): 270-276.
Basak, Ajoy. et al. Inhibition of proprotein convertases-1, -7 and furin by diterpines of Andrograhis paniculata and their succinoyl esters, The Biochemical Journal 338 (1999): 107-13.
Buhner, Stephen Harrod. Herbal Antibiotics, second edition, Storey Publishing, 2012.
Buhner, Stephen Harrod. Herbal Antivirals, Storey Publishing, 2013.
Dharmananda, Subhuti. Shuanghuanglian: Potent anti-infection combination of lonicera, forsythia, and scute, itmonline.org/arts/shuang.htm, nd.
Hoffmann, H, et al. Human coronavirus NL63 employs the severe acute respiratory syndrome coronavirus receptor for cellular entry, Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102(22) (2005): 7988-93.
Kuhn, JH, et al. Angiotensin-converting enzyme 2: a functional receptor for SARS coronavirus, Cellular and Molecular Life Sciences 61 (2004): 2738-43.
Lewis, Ricki. Covid-19 vaccine will close in on spikes, blogs.plos.org/dnascience/2020/02/20.
Li, Guangdi and Erik De Clerq. Coronovirus (2019-nCoV), nature.com/articles/d41573-020-00016-0.
Li, W, et al. Angiotensin-converting enzyme 2 is a functional receptor for the SARS coronavirus, Nature 426 (2003): 450-4.
Li, W, et al. Efficient replication fo severe acute respiratory syndrome coronavirus in mouse cells is limited by murine Angiotensin-converting enzyme2,
Li, W, et al. Receptor and viral determinants of SARS-coronavirus adaptation to human SCE2, The EMBO Journal 24(8) (2005): 1634-43.
Marshall, R.P. The pulmonary renin-angiotensis system, Current Pharmaceutical Design 9(9) (2003): 715-22.
McKeever, Amy. Here’s what coronavirus does to the body, National Geographic, February 18, 2020.
Peng, M. et al. Luteolin restricts dengue virus replication through inhibition of proprotein convertase furin, Antiviral Research 143 (2017): 176-85.
Wevers, Brigitte and Lia Van der Hoek. Renin-angiotensin system in human coronavirus pathogenesis, Future Virology 5(2) (2010): 145-161.
Xia, Shuai. et al. A pan-coronavirus fusion inhibitor targeting the HR1 domain of human coronavirus spike, Science Advances 5 (2019): eaav4580.
Zimmer, Katarina. Why Some Covid-19 cases are worse than others, The Scientist, February 24, 2020.
Offline
Strony: 1